兽用B超系统软件由两大部分组成：应用程序和I/O接口驱动程序部分。前者实现仪器面板功能等，后者完成PCI适配卡的驱动以及通信功能。兽用B超仪器面板由一个主面板和分布其上的控件以及几个分面板组成。控件包括探头切换、以及进入各分面板的操作按键；分面板有图像分析处理、测量、患病动物病历数据库等几项。其中，兽用B超图像处理和分析采用小波分析、数学形态学、遗传算法等理论和技术对回声信息进行各种处理，功能多，算法灵活，效果比传统方法好，提高了兽用B超系统的分辨率和其他性能；测量面板则除进行各种距离测量外，还有实时测量功能，即可以一边扫查、一边测量而不必冻结图像。 患病动物病历数据库管理面板对检测对象的特征和患病动物病历进行记录。这一切都是根据计算机数字图像处理技术利用软件实现仪器的功能，与传统兽用B超机的DSC硬件电路实现的图像处理功能相比，优点突出；因为传统的兽用B超机图像锐化功能一般只是硬件上的钩边电路实现，兽用B超图像的软件处理只是简单的插值和行、场相关处理等，就是一些传统的医学影像工作站，它们是利用时窗傅立叶变换对超声波回声信号进行处理的，存在窗口傅立叶变换固有的局部性差的局限；而我们借助MATLAB软件，对回声信息进行小波分析，比如利用小波函数的变焦性和紧致性提供的描述信号局部化的能力，再结合数学形态学原理，进行兽用B超图像复原处理，使图像比较干净，噪声点少；提高了系统的分辨率。一般的兽用B超机横向分辨率都在2mm以上，而我们做到了小于2mm。此外，我们还利用遗传算法进行图像分割，取得了较好的效果。仪器I/O接口驱动程序主要是完成插卡的检测、识别和驱动以及与网络的连接及通信功能。